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依靠汉人、安抚土著、搜查金银珠宝，是郑芝龙征服台湾每一个城堡后，不变的三步曲，现在的台湾，西班牙人已经死绝了，南部只有数百荷兰战俘，其余的全部是土著与汉人。
据郑芝龙估计，土著大约有十万人，他们大多是不同时期从大陆渡海而来，只是他们失去了自己的历史，如果有家谱，不知道能不能找到他们的祖先。
不过，从他们的方言当中可以看出，这些人的话与闽南语非常相近，相互之间能勉强听得懂对方的话语，应该从福建来的居多，福建与台湾，只隔着一条狭窄的海峡。
至于汉人，大约有三万，他们的是正宗的闽南语，应该从福建来的时间还不长，如果时间久了，他们的方言可能要发生一些变化，到时候又可能找不到自己的祖先了。
如果现在不及早归化，将来台湾岛民智得到开发，会不会脱离大陆自立，谁也不准，毕竟台湾是孤悬在海上，与大陆隔着一道比心还宽的海峡。
郑芝龙要做的，先要让汉人归心，再利用汉人与土著的和睦关系，一步步同化当地的土著，当然，他只是军人，只能做好现在的事。
在大明的地方官员来到台湾之前，南海舰队充分利用当地的汉人，协助陆战队在各地建立地方军政府，初步有效统治台湾各地。
等朝廷向台湾派来大批的地方官员后，南海舰队就会从军政府中撤出，将台湾交给这些文官们，南海舰队还是要回归到征伐的本色当中。
在朝廷派来的官员到达之前，南海舰队已经占据了整个台湾岛。
梁用的陆战第十旅驻扎在台湾南部，以大员为中心，城堡还包括汕尾，附近村落由于遭到荷兰人的欺凌，在明军到来之后，由于汉人的引导下，土著也能亲近大明。
吴才茂的陆战第十一旅，已经完全荡平了大肚王国，建立以彰化城为代表的统治中心，但在此处，由于明军采用了高压政策，当地土著只是表面上归附，统治极不稳定。
北部地区～～～～，，驻扎的是金会的陆战第十二旅，师长郑兴暂时也在这儿，西班牙人修筑的圣多明戈城和圣萨尔瓦多城都被明军接管，这里的百姓曾经受到西班牙人奴役，与南方的境况差不多，当地的百姓，无论是汉人还是土著，都是比较亲近大明。
郑芝龙要抹去西班牙人曾经统治过的痕迹，他将圣多明戈城依照附近的河流，更名淡水城，圣萨尔瓦多城改用原来的名称，鸡笼，但他认为，‘鸡笼’这个名字，太过土气，难登大雅之堂，遂用了同音字：基隆。
三个陆战旅通过台湾西海岸加强联系，相互协作。
为了防止荷兰人与西班牙人从南洋派出舰队，前来报复，郑芝龙将南海舰队集中到大员港口，同时传令，滞留在广州与厦门的南海舰队余部，尽快赶到大员，与他汇合。
在清理财产的时候，郑芝龙发现，圣多明戈城与圣萨尔瓦多合在一起，都比不上一个热兰遮城，两城这仅仅搜出价值五十万两的金银，加上城中的财物和港口商船上的货物，价值也不过八十万两左右。
而热兰遮城一座城堡，就搜出价值一百二十万两的金银财物，如果荷兰东印度公司愿意用每人五百两赎买人质，又有三十万的收入。
西班牙在台湾的贸易，已经远远不如荷兰，由此可见，双方在东方的贸易对比。
在京师的时候，朱由检曾经口授郑芝龙，让他在台湾和南洋地区搜集西夷的火器、技术和书籍。
通过与大明的对比，郑芝龙发现，荷兰与西班牙的火炮，口径比大明的略，射程也近，使用的还是实心弹，他们的的火枪还停留在火铳阶段，比大明的燧发枪整整落后了一代，对大明没有多少借鉴作用。
在海军的舰船方面，西班牙在台湾仅有的几艘舰船，已经被郑兴一怒之下，全部击沉了，失去了比较的可能，荷兰的舰船，吨位比大明的广船，火炮的数量却比广船多，结构上肯定有一些参考的价值，不过郑芝龙已经为大明找了一位精通造船技术的荷兰人斯特恩。
斯特恩现在已经去了福州的造船厂，参与大明的舰船射击，但郑芝龙还是将俘获的荷兰舰船开往福州，必要的时候给斯特恩作为参考。
关于科学方面的书籍，郑芝龙倒是搜出几本，主要是孩子们学习的书籍，他命人在荷兰人的协助下，翻译成汉语，为了防止翻译上的错误，郑芝龙是命令两套人马分别翻译，等完工后一并送至京师，但这个过程时间比较长，不是几天就能完工的。
郑芝龙给国防院发出军报。
在军报中，郑芝龙不仅汇报了台湾的战况，也汇报了剿灭大肚王国的事，最后，他向国防院建议，从福建抽调陆军驻扎台湾，南海舰队只能驻扎在大员，无法驻扎在整个台湾。
台湾战争顺利结束之后，郑芝龙遵守了自己的诺言，释放了荷兰驻台湾的最高长官普特曼斯，让他回到巴达维亚。
接到南海舰队的战报，李春烨丝毫不敢怠慢，他立即入宫，求见朱由检。
看了南海舰队的军报，朱由检似乎不敢相信自己的眼睛：“候质，你这郑芝龙，到底打的是什么仗，这么快就平定台湾了？”
“陛下，郑芝龙胆子再大，也不敢在这件事情上欺瞒陛下吧？”李春烨有自己的判断，如果郑芝龙晚几天打下台湾，没有人认为他作战不力，也不会影响他的军功，整个朝廷，除了朱由检与国防院，恐怕找不到几个关心台湾的人。
“郑芝龙还不敢欺瞒朕，朕只是觉得，南海舰队的进军速度，似乎比陆军还快。”朱由检就像是毛头子初婚，没入洞房的时候，天天盼着入洞房，跟猴急似的，真要入了洞房，也就那么回事，反而少了几分兴奋，期待永远比得到更加刺激。
“陛下是，郑芝龙推进得太快了？”李春烨咧嘴大笑，“台湾是一个独立的岛屿，就是推进得快，应该也不会有什么后遗症，难道当地的土著会展开反扑？”
“朕倒不是这个意思，土著连数百荷兰人都打不过，难道还能打得赢大明的上万士兵？”朱由检微笑着摇头，台湾战争，他知道一定会胜利，但没想到胜利来得如此之快，“朕是，这才一个月的时间，郑芝龙就平定了台湾，人事部怕是还没安排好赴台湾上任的官员。”
“陛下……”李春烨也是笑，“台湾既已收回，今后如何纳入大明的地方管理？”
“台湾的管理，自然是立省。”朱由检一副云淡风轻的样子。
“立省？应该是大明的第二十三个省，”李春烨板起手指头，快速数了一下，“陛下，台湾乃弹丸之地，要是立省，地域是不是太了？”
“太？不会。”朱由检拿出一份新近绘制的《大明疆域图》，“朕还是信王的时候，候质就知道朕对大明的展望，现在候质知道朕为什么发展海军吗？”
“海军自然是维护大明的疆域，为大明的商队护航。”李春烨知道，朱由检从来不会为了排场，做些没有意义的事，他发展海军，绝对不会是为了宣扬大明的所谓国威。
“候质得不错，”朱由检差就出‘知我者，候质也’，“可是，要维护大明海疆的安全，为出海的商人护航，海军必须要进入大海，候质看这份《大明疆域图》，看看大明面向大海的东部，有什么感想？”
李春烨接过朱由检递过的《大明疆域图》，与普通的《大明疆域图》不同，这份《大明疆域图》的东面，向外扩展了很远，“陛下，这琉球的东面，这蔚蓝色的部分，到底是什么？”
“大海，这才是真正的大海。”
“大海？”李春烨瞪大眼睛，他发现，琉球岛的东面与西面，是一样的蔚蓝色，“陛下，难道琉球的东面，也是大海？”
“当然，候质你看，大明与琉球之间，就是我们常的大海，但是，如果大海仅仅在这儿，那大明的海外贸易，也只能是大明与琉球之间的贸易，以琉球的弹丸之地，这些贸易能抵得上大明一个府，就天了。”
“陛下，大明的海外贸易，不是在南方吗？”
“候质只是对了一半，”朱由检先是用手指画出南方的贸易通道，基本上就是当年郑和航行的路线，“这一条贸易路线，早已存在，是西夷最近才开辟的，但是，汉人早就发现了，称为‘海上丝绸之路’，只是因为朝廷不重视海外贸易，这才逐渐废止了。”
“陛下，南海舰队将来开辟的就是这条贸易路线？”
“嗯，郑芝龙在南洋行商多年，他知道这条贸易路线的巨大利润，以及对大明的重要性，”朱由检指着《大明疆域图》上沿途的口岸，“可是，候质看看，这条贸易路线，对大明来非常狭窄，要是沿途出现一个稍微强大的国家，这条贸易路线就可能被掐断。”
李春烨从厦门、广州开始，一路看下去，果然沿途的出口很少，也很狭窄，贸易路线很容易被别人拦腰斩断，“陛下，这些岛屿，大明有办法去除吗？”